天才児マチルダ (マーラ・ウィルソン) は不幸にも中古車セールスマンのハリー・ワームウッド (ダニー・デヴィート) とその妻ジニア (レア・パールマン) の娘である。オアフィッシュの息子マイケル（ブライアン・レビンソン）。 マチルダは幼い頃から読書に対する並外れた欲求を持っており、最寄りの公共図書館で児童書から古典小説へと急速に卒業していきました。 彼女は学校に行きたいと思っていますが、彼らは彼女を入学させることを拒否し、父親にいたずらをして彼を罰するように彼女を挑発しました.
ハリーが子供嫌いのクランチム ホール小学校の校長であるミス アガサ トランチブル (パム フェリス) に車を売った後、彼は彼女がマチルダに必要な種類の教育者であると判断し、最終的に彼女を学校に通わせることにしました。 マチルダは学ぶことに熱心で、待ちきれませんが、トランチブルが子供たちをしつけるのに非常に特殊な方法を持っていることにすぐに気付きます. 幸いなことに、彼女のクラスの先生は、マチルダの並外れた可能性を認識している親切なミス・ハニー（エンベス・デイヴィッツ）です。 残念ながら、校長もマチルダの両親も、彼女がさらに成長するのを助けることに興味がありません.
トランチブルさんは、ハリーが売った車が故障していることを知り、マチルダに怒りをぶつけます。 最初に、彼女は巨大な釘が散りばめられた暗い戸棚である「The Chokey」に彼女を閉じ込め、次に飲料水にイモリを入れたことで彼女を非難します。 虚偽の告発に激怒したマチルダは、自分が念力を持っていることに気づきます。 彼女は新たに見つけた才能を磨き、それを使ってミス トランチブルと彼女の両親にレッスンを教えます。