「ミュータント・メイヘム」の敵対者は、タイトルが示すように、さらに別のミュータントです。 人間サイズのハエ、スーパーフライ（アイス・キューブ）は、世界征服を計画しているようだ。 ジェフ・ロウは、あのキャラクターだけで映画全体を占めるのに十分だと語った。 シュレッダーのようなキャラクターにはストーリーがありすぎて広範な背景も含めることができないため、最終的に映画製作者は単に彼を除外することを選択しました。 彼は言った：
「シュレッダーはしばらく使っていました。 […] 彼は伝説の中でとても特別なキャラクターです。 キャラクターとして、彼は物語の中で多くのスペースを占めています。 そしてこの映画では、悪役は別のミュータントである必要があり、タートルズに共感できる人物である必要があり、タートルズも共感し、多少誘惑されるような人物である必要があると感じました。 もっと並行したストーリーが必要でした。 それがSuperflyが私たちに与えてくれたものです。」
確かに、シュレッダーは支配と破壊に熱中する邪悪な格闘技の達人です。 彼は、一緒に戦う相手以外に、タートルズに魅力的な争いを提供しません。 ちなみに、タートルズは、知的に挑戦してくる悪役と争うタイプのキャラクターではありません。 彼らは、携行する武器によって主に定義されるティーンエイジャーです。 彼らは熟練した戦闘機かもしれませんが、シュレッダーは微妙な対抗策をあまり提供していないようです。 少なくともスーパーフライは、タートルズが同意できない仲間のミュータントとしての立場に立つだろう。
ロウは、タートルズの最も有名な宿敵を続編のために救うことは、確かに最近の別のスーパーヒーロー大作に似ていることを知っていました。