「スーパーマリオブラザーズ ピーチ姫救出大作戦！」 マリオが真夜中にビデオゲームをしているところから始まり、突然ピーチ姫がテレビから飛び出し、続いてクッパ王、別名クッパが続きます。 マリオは彼女を守ることができず、彼女はクッパに追い払われ、謎のネックレスを残しました. 翌日、マリオとルイージが（配管工ではなく）所有する食料品店で働いている間、奇妙な青い犬がネックレスを盗み、キノコ王国に導きます.
そこで彼らは、キノコ、花、星の 3 つの魔法のアイテムを集めて、クッパ王からピーチ姫を救出する運命にあることを発見します。 こうして彼らの壮大な探求が始まります。犬がそばにいて、さまざまな不運を乗り越えます。 彼らはきのこをたくさん食べてつまずきます。 彼らは金鉱に気を取られて閉じ込められます。 彼らは水中で魔法の飛行艇を見つけ、クッパ王の城までずっと横断します。 そこで彼らはパワーアップを食べ、悪意のあるカメがピーチ姫に結婚を強要する前にピーチ姫を救出します.
最後の戦いの後、ピーチはマリオにキスをし、彼の助けに感謝します. 彼はネックレスを返し、ピーチは、まったく同じネックレスを持っている人と結婚する運命にあると説明します. マリオはルイージの方を向いて、店に同じようなネックレスがあるかどうか尋ねます. ルイージがノーと言うと、犬は突然ハル王子という男に変身し、ずっと別のネックレスを持っていたので、ピーチ姫と結婚するつもりだと言います. それが物語の終わりです。 マリオとルイージが帰宅。 また、クッパ王は食料品店で働いています。