コミックは、「トランスフォーマー」と「G.I.ジョー」のクロスオーバーが起こった場所です。 どちらのシリーズにもマーベルからコミックが出版され続けている（『G.I.ジョー』はラリー・ハマ、『トランスフォーマー』はボブ・ブディアンスキー、その後サイモン・ファーマンが書いた）。 1986年、このシリーズはマイケル・ヒギンズとハーブ・トリンペによる4号のミニシリーズ「G.I.ジョーとトランスフォーマー」と交差しました。 ディセプティコンとコブラは協力し、誤解の後、オートボットとジョーは共通の敵を倒すために同盟を結びます。 「G.I.ジョー」のキャラクターは続編シリーズ「トランスフォーマー：ジェネレーション2」（ファーマン脚本）にも登場し、そこでメガトロンはコブラと契約して新しい体（市販のおもちゃに似た体）を造る。
オリジナルのマーベルクロスオーバー作品で最も驚くべきことは、「G.I.ジョー」が最高額のギャラを獲得したことだ。 1980 年代が終わると、ロボット・イン・ディスガイズは持続力のあるシリーズである一方、ジョーズは 80 年代すぎて適応できないことが明らかになりました。
2003年、Devil’s Due Press（当時は「G.I.ジョー」のコミックライセンスの所有者）は、クロスオーバー「G.I.ジョーvsトランスフォーマー」シリーズの絵として「トランスフォーマー」を使用した — コブラは休眠中のオートボットとディセプティコンを発見し、武器に変換する。 2004年、ドリームウェーブ・コミックスは第二次世界大戦を舞台にしたミニシリーズ「トランスフォーマー/G.I.ジョー」(ジョン・ネイ・リーバー著、ジェイ・リー鉛筆)を出版した。
IDW Publishing (2005 年から 2022 年までは「トランスフォーマー」、2008 年から 2022 年までは「GI ジョー」のコミック ライセンスを所有) は、2016 年のイベント「Revolution」でハスブロ プロパティの共有ユニバースを立ち上げました。 しかし、「トランスフォーマー」はこの世界の中心でした。 それはすべて、主に他のシリーズからの単なるカメオ出演で「トランスフォーマー」のストーリーを締めくくるミニシリーズ「トランスフォーマー：ユニクロン」（脚本：ジョン・バーバー、美術：アレックス・ミルン）で終わった。